臭氧是一種綠色高效的殺菌消毒劑，在藥品生產中已廣為應用，但在我國食品行業的應用還不是很廣泛。
 我國食品加工企業眾多，達1100萬家。隨著食品安全政策執行力度的加大和消費者健康意識的增強，食品企業在質量控制方面的措施也越來越多，對臭氧殺菌機的需求量也不斷增長。 
采用臭氧殺菌機，可殺滅食品車間的細菌等微生物，避免食品腐敗變質，延長食品保質期，從而推動食品產業快速發展。
臭氧發生器在食品行業的應用范圍很廣，主要體現在食品加工領域，包括但不局限于以下幾方面——
1.食品工廠的空間的消毒滅菌
 烘焙食品、冷凍甜食、肉禽制品、蛋制品、乳制品、水產制品、速凍食品等食品加工車間，使用臭氧消毒的效果很好。在殺菌消毒的同時，臭氧還可去除異味。
 對于中央空調凈化系統以外的潔凈區域，或需要滅菌的其他房間，則需單獨進行滅菌處理。方法是選用臭氧發生器，直接安裝在該房間內。根據需要，設定消毒時間，消毒結束便自動關機，使用非常方便。
 按照衛生部消毒技術規范的要求，對空氣消毒的臭氧濃度是5ppm，但事實上，潔凈區的消毒不僅是對空氣的消毒，實際上還包括了對物體表面的消毒，所以，設計時的濃度一般應大于10ppm。
2.食品加工設備的消毒滅菌
 使用臭氧發生器，對食品加工間、加工設備進行消毒，十分方便和有效。
 傳統的消毒方法是用等化學試劑熏蒸，眾所周知，甲醛熏蒸的弊病較多，國外近期研究證明，在控制空氣微生物方面，臭氧是甲醛和其他化學熏劑的替代物。通過化學霧化、紫外線與臭氧作消毒劑的對照試驗，結論是臭氧既有效又無殘留。
 將臭氧消毒機直接安放在空調凈化系統的風道中，這種消毒機稱為內置臭氧發生器。臭氧隨著風道的氣流，進入各潔凈區，對潔凈區進行消毒滅菌，剩余臭氧吸入回風口，由中央空調帶走。

 也可以將臭氧發生器放在中央空調風口的外面，將臭氧打入中央空調的風道中，然后被送入各潔凈區，這樣布局的臭氧消毒機稱為外置式臭氧發生器。外置式臭氧發生器安裝檢修方便，但制造成本要高一點。兩種方法的消毒效果相同。
 按照消毒技術規范的要求，對空氣消毒的臭氧濃度是5ppm，但事實上，潔凈區的消毒不僅是對空氣的消毒，實際上還包括了對物體表面的消毒，所以，設計時的濃度一般應大于10ppm。每天上班前開機1.5～2.0小時，下班后開機1-2小時，就可以保證一天內潔凈區的浮游菌和沉降菌達到食品衛生作業要求。
3.食品車間物品的表面消毒殺菌
 在食品生產過程中，要對工具器、包裝容器、車間地面、墻壁、天花板等物體表面進行消毒。以前是用紫外線消毒，但存在消毒不徹底、有死角等問題。
 而使用臭氧發生器消毒，具有殺菌速度快、殺菌高效的優點。
4.食品生產設備等的消毒
 將臭氧通入水中，可制得臭氧水。臭氧水具有殺菌消毒效果，可用來清洗生產設備、工器具、包裝容器，可對這些物品進行深度殺菌消毒。
5.食品原料的殺菌
 使用臭氧水，可對水果、蔬菜等食品原料進行殺菌消毒，減少食品原料的含菌量，為后面的食品質量控制減少難度，有利于提高食品安全質量、降低食品生產成本。
 不過，對于有些對氧化劑特別敏感的食品原料，不可以使用臭氧殺菌消毒，或者減少臭氧的濃度和作用時間。